Standardmässig gibt DFS auf Anfragen nur NetBIOS Namen zurück. Dies funktioniert ganz ordentlich, solange man sich nicht in einem anderen Forest, Domain etc befindet….
Sobald von ausserhalb der Domaine ein Zugriff auf DFS Ressourcen erfolgt, landet man im Nirvana.

Als unschöner Workaraound könnten die DFS Server beim lokalen DNS eingetragen werden. Oder die DNS-Suffix aller Clients werden mit den Präfixen erweitert.

Das Ganze kann aber auch direkt im DFS umkonfiguriert werden. Folgender RegKey muss auf allen DFS Servern hinzugefügt werden, welche Namespaces hosten:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\Dfs
Value Name: DfsDnsConfig
Data Type: REG_DWORD
Value Data: 1

Sind nun schon Namespaces vorhanden, müssen diese inkl. den Targets komplett neu eingerichtet werden. Am einfachsten mit dfsutil.exe arbeiten, Targets exportieren, Export File mit FQDN Namen umschreiben und in die neu konfigurierten Namespaces wieder importieren.

Link:
http://support.microsoft.com/kb/244380/en-us

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